В июле 1526г. Хюбмайер покинул Цюрих в последний раз; проделав свыше 400 миль, он прибыл в город Микулов в Моравии, что на австрийской границе. Причиной такого выбора послужил известный факт, что Луи, король Богемии, Моравии и Венгрии был известен своей терпимостью к протестантским меньшинствам. В местности, где Моравская Церковь (Объединенное Братство или Гусситы) уже оставила глубокий след в религии и морали, благодатная почва для Хюбмайера уже была возделана.

Непосредственной причиной отъезда Хюбмайера из Цюриха было создавшееся вокруг его имени мнение неполноценного члена братства. Как уже рассказывалось, ему недоставало личного, природного, мужества и считалось, что он уехал из Цюриха, чтобы сохранить лицо после малодушного отречения. Отречение, несомненно, имело место, о чем Хюбмайер позже с горечью говорил: "Господи, прости мою слабость. Это хорошо мне (как говорил царь Давид), что Ты послал мне унижение". Но некоторые письма Цвингли проливают свет на истинные обстоятельства отречения. Он похвалялся, что понудил Хюбмайера к отречению под пыткой. В письме своему другу Цвингли говорил, что Хюбмайер упрям и не согласился бы на покаяние просто так. Злорадным тоном, не свойственным даже для Цвингли, он писал, что Хюбмайер истинный демон и, что он вырвал у него отречение под пыткой на дыбе. О том, что это так и было, говорят циничные слова из окончательного приговора в Вене в 1528г.: "Его уже пытали по вопросам крещения в Цюрихе и заставили назвать того, кто подвиг его на это учение… и сделать публичное заявление". Очевидно, Цвингли хотел не только публичного покаяния, но и выпытать имена. Было бы глупо со стороны Хюбмайера оставаться долее в Цюрихе.

Жестокие преследования реформаторов
В сравнительной безопасности Микулова Хюбмайер мог более объективно взглянуть на цюрихское судилище. "Вера – от Бога, а не от башни для еретиков, из которой не видно ни солнца, ни луны и жить приходится на хлебе и воде. Но я благодарю Господа Бога моего, освободившего меня от звериной пещеры, где живые заживо гниют подле мертвых".

Он удивлялся несостоятельности людей, заявляющих о себе как реформаторах веры христианской и проповедниках религии Иисуса Христа, использующих самые грязные методы для устранения тех, кто покорнейшим образом следует истинно христианским установкам. В одном из самых ярких и красноречивых своих выступлений Хюбмайер издает крик души, призывая к любви и терпению против жестокостей, творимых от имени Христа:

"Христос пришел не для кровавых дел, а чтобы предложить людям более достойную жизнь. Пока человек жив, нам надо молиться за его раскаяние. Турок или еретик должен быть устрашен не мечом и огнем, а терпением и оплакиванием его судьбы. Поэтому нам надлежит терпеливо дожидаться суда Господня. Каждый христианин несет меч против безбожников – Слово Божье, но не меч против зло творящих. Истинная вера познается в испытаниях – чем они суровее, тем величавее вера. Когда Иоаким уничтожил книгу Иеремии, Варух написал еще лучшую. Истина бессмертна".

Моравский период в жизни Хюбмайера был плодотворен. Ему покровительствовал местный вельможа. Он стал почитаемым вождем растущего сообщества единомышленников в Микулове и его окрестностях. То, что его искренность и притягательность глубоко проникли в сердца многих, – несмотря на жесточайшие преследования, когда-либо выпадавшие на долю беззащитного религиозного общества – обнаруживается позднее в поступках моравийских братьев. Кроме Хюбмайера еще многие нашли убежище в Моравии в 1526г. Постоянный приток беженцев из Швейцарии, Тироля, Италии и Германии значительно пополнил ряды Братьев в этой стране.

Некоторые из них, только что избежавших преследований, не были ни достаточно терпеливы, ни вполне постигшие принципы христианства – в сравнении с Хюбмайером. Более всех доставлял хлопот переплетчик Ганц Гетц, бывший сподвижник Томаса Мюнцера, перед тем как тот принял активное участие в крестьянской войне в Германии. Гетц включал в свою проповедь обязательный приход Христа в Духов день 1528г. и что это принесет победу его святым. Говаривалось даже о каких то приготовлениях к концу. Однако, доставив множество забот Хюбмайеру, Гетц вернулся в Германию, где был убит при попытке к бегству из тюрьмы в Аугсбурге.

Апелляция к Писанию
В этот период Хюбмайер не только успешно проповедовал, но, пользуясь коротким счастьем свободы, он творил страстные, живые и трепетные произведения во славу Бога. Они оставались столь же малоизвестными тогда, как неизвестны и теперь, замеченные лишь несколькими исследователями и оценившими их замечательными творениями периода Реформации – богаче по духу и честнее в понимании, чем таковые самых известных "реформаторов". Сравнивая их с неубедительной софистикой Цвингли, швейцарский ученый Устери говорит, что "подход Хюбмайера значительно ближе к современным научным методам ". Веддер говорит: "он постоянно вопрошает, о чем бы ни шла речь, что говорит по этому поводу Писание? Во всей истории церкви вряд ли найдется писатель, который бы с таким же рвением исследовал Писание или подходил бы к изучению более непредвзято, чем он или исказил бы столь немного из Писания в поддержку своей точки зрения".

В дни, когда догмы служили основанием для жестоких диспутов, подход Хюбмайера к рассмотрению фундаментальных положений христианской веры выделял его необыкновенно среди прочих. Для него ни одно положение Библии не являлось выхолощенной догмой, прикрываемой славословием и кружевами логических построений; для него в этом крылось осознание чего-то такого, что изменяло все существо человеческое. Например, крещение:

"…есть внешнее проявление и публичное освидетельствование внутреннего духовного крещения омовением в воде. Сим не только грехи исповедуются, но и вера в смерть и воскрешение Христа подтверждается перед всеми. Сим также помечается вновь обращаемый и причисляется к братству церковному согласно указаниям Христа. Публично и во всеуслышание обещает он Богу-Отцу, Сыну и Святому Духу, что с этой минуты верует он и живет в соответствии с божественным словом; а если он окажется нерадивым верующим, то получит он братское наставление в соответствии с Евангелием от Матфея 18: …Это публичное обещание, приносимое Христу, нашему невидимому руководителю и наставнику, и которое должно пронести верующему под христовым знаменем через всю жизнь до самой смерти".

Хюбмайер был убежден, что несмотря на всю глубину природы предмета, христианская теология была без необходимости запутана людьми. Более заинтересованными в выражении своей эрудиции, чем в объяснении сущности Бога; поэтому среди скромных ремесленников он встречал людей сведущих именно в сущности Писания. В своих Простых Объяснениях он писал:

"Самый скромный из верующих способен понять Писание, во всяком случае настолько, насколько это необходимо для спасения, и его долг знакомиться с Писанием своим трудом, а не принять его из вторых рук от кого бы то ни было".

Необходимо, чтобы жаждущий узнать сам докапывался до ответа. Хюбмайер вывел золотое правило: Писание может быть объяснено только самим Писанием, что он выразил таким образом:

"Если мы рядом с непонятными, туманными местами расположим другие отрывки на ту же тему и свяжем воедино их содержание, то простота и ясность Писания засияет перед нами, как свет от десятков связанных вместе восковых свечей в сравнении с одной".

Красной нитью проходит через все его микуловские работы мысль о том, что только Библия может служить источником знаний о Христе и понятия христианства. Протестантские реформаторы много рассуждали о Библии, но продолжали придерживаться преданий, обрядов и всего наносного, чего Писание не содержит. Они заявляли, что Библия для них – образец, но на практике поддерживали жесткий церковный авторитаризм. Хюбмайер не хотел иметь ничего общего с этим:

"Нам следует справляться у Писания, а не у церкви, ибо Бог хочет от нас только Его закона, Его воли, а не наших соображений и не того, что нам кажется удобным. Бог более озабочен послушанием Ему, Его воле, чем всеми изобретениями церкви".

Теологи, утверждал он, ломают копья по поводу абстрактных построений, тогда как наглядная демонстрация послушания, например, крещение и не отмщение, остаются ими без внимания. "Но это как раз свойственно человеческому рассудку придавать наименьшее значение тому, что Бог почитает превыше всего или наказывает нам". Логичным было утверждение Хюбмайера, что церковь построена на Слове, не наоборот. Гимн, сочиненный им на тему 1Петра 1:25, отражает как его подход к Библии, так и всех братьев вообще:

"О, слепец, прислушайся к реченному;

Озаботься своим положением и призванием;

Уверуй в силу Писания,

Коим удержаны мы от падения,

И падет твоя драгоценная эрудиция.

Оставь тщетные помыслы.

Вот путь, а не заблуждение,

Слово Божье вовек нерушимо".

Последняя строфа особенно значима. Смысл ее имеет широкое приложение и вселяет убеждение, что, если Петр был прав, то ни оковы преданий, ни злая сила не смогут полностью затмить правду:

"Славьте Бога сладостно.

Славьте Бога одного,

Слово Его разнеслось повсюду –

И слово, и дело – едино.

Ничто человеческое Ему не указ,

Ни одно имя не сравнится с Ним.

И поем наше благодарное Аминь!

Слово божье вовек нерушимо".

Смерть через огонь и воду
Микулов стал убежищем для Хюбмайера всего на год. Как прибежище свободы Моравия стала подарком судьбы, ибо уже в 1526 году произошли династические перемены в стране. Луи, унаследовавший от своего отца Богемию, Моравию и Венгрию, был убит в сражении с турками на своей восточной границе. Наследником стал эрцгерцог австрийский Фердинанд, женившийся на сестре Луи Анне. Будучи из семьи Габсбургов, он был истый поборник католицизма. В июле 1527 года Хюбмайер и его жена Элизабет были арестованы в Микулове и доставлены в Австрию. Монах был приставлен к ним для попытки их обращения. Они вели длительные беседы и Хюбмайер имел силы согласиться, что ошибался прежде по многим положениям. Однако были и такие заповеди Господа, по которым он никак не согласен на компромисс. Монах признал поражение и Хюбмайер предстал пред судом. Решение было неизбежным:

"Вышеозначенный д-р. Бальтазар признает, что он совершенно не верит ни в таинство алтаря, ни в крещение младенцев. Посему д-р. Бальтазар на основании обвинения в ереси приговорен к сожжению на костре".

10 марта 1528 года его вывели для исполнения приговора. Элизабет "просила его крепиться". Злой язык от его недоброжелателей сказал, что он до конца "стоял как скала в своей несгибаемой ереси". Его понуждали исповедоваться перед священником, но он упорно отказывался. Не было уже ни возможности пойти на компромисс, ни надежды на помилование. Вся эта садистская атмосфера публичного сожжения ослабляла силу духа его чувствительной натуры, а бесстыдное любопытство толпы добавляло страданий. Но в нем не было видно горечи сожаления. "Дорогие братья, – обратился он ко всем, будучи привязанным к столбу – если я обидел кого-нибудь словом или делом, да простит он мне во имя Господа милосердного. Я прощаю всех, кто принес несчастья мне". Посыпавшему его солью и порохом человеку он говорил "о, сыпь покрепче, сыпь покрепче"; а когда с него содрали одежды, он прошептал "Господи, с тебя они также снимали одежды". Его последними словами были слова Иисуса: "В руки Твои предаю дух Мой".

Это было бессмысленное убийство одного из самых высоко одухотворенных людей его века. Здесь не было ничего от революционера, фанатика или одержимого догмой изувера, а лишь пылкая и чувствительная натура, единственным желанием которой было умиротворить дух человеческий. "Учен, красноречив, свободен от проявления фанатизма, без различий рангов в дискуссии; он выслушивал ругательства и никогда не отвечал тем же. Он написал, быть может, несколько сердитых слов, когда все писатели мира погрязли в сквернословии".

13 марта его преданная Элизабет, которую суд охарактеризовал как еще более погрязшую в ереси и упрямстве, чем ее муж, была утоплена с тяжелым камнем на шее в водах Дуная.

За три года до этого венские ротозеи толпились вокруг другой жертвы, жарящейся на костре, не ведая, что творят; а Хюбмайер писал тогда в своем труде, озаглавленном "Касательно еретиков и тех, кто предает их сожжению". Это был страстное воззвание за свободу совести, за любовь в противовес ненависти, за стойкость убеждений о духе Христовом:

"Еретиков надлежит исправлять научением в святости, не в гневе, а с мягкостью, с огнем духовным и любовью. Величайшим обманом является рвение, основанное на неправильно преподнесенном содержании Писания, ибо сознание правоты и искренности есть отравленные стрелы, если они не основаны на Писании. Невелика заслуга сжечь невиновного, но указать ему на ошибку и доказать это Писанием – вот заслуга.